Voreingestellt benutzt ispCP FastCGI und deshalb hat jede Domain ihre eigene php.ini.
Du findest sie für die Benutzer-Domain example.org hier: /var/www/fcgi/example.org/php5/php.ini
Du findest die php.ini für ispCp virtual host hier: /var/www/fcgi/master/php5/php.ini
Falls du PHP4 anstatt von PHP5 benutzt schau in den PHP4 Ordner.