mod_fcgid: read data timeout in 40 seconds

[DragonZX]

Тут такая ситуация, что вроде у тебя в конфигах все правильно.
При обновлении лично у меня была проблема с 500 ошибкой, но тут все решилось (ссылка выше). В остальном все встало как по маслу. Единственная проблема может возникнуть с PHP 5.3, но относительно современные движки и самописы работают нормально (Joomla 1.0 и с версии 1.5.20, а также последний Drupal, с форумами не замечал). Апач обновляй спокойно.