das macht tuning-primer.sh ganz nett
apropos : ist deine Seite jetzt wieder in Betrieb oder nicht ?
Ich wunder mich nur - weil ~2000 queries in 2,5 h ist nicht grad viel - das rauscht bei mir in 5-10s durch...
Also setz deine Seite mal wieder richtig unter Last und dann lass den tuning-primer.sh nach > 48h Laufzeit der MySQL nochmal laufen.
Btw. schau bitte im phpmyadmin welchen Typ deine Tabellen haben (myisam/innodb) wie groß die Indexe (zusammen) sind - und wie groß die Datenbank insgesamt.
(natürliche alle Angaben nur zu der DB die du auch entsprechend heavy nutzt).