Es bueno que actualices por los menos a rc7 se te curaran muchos males del panel.
Pero tambien deberias indagar en el sistema de por que esa falta de recursos, todos hemos sufrido el doloroso error 500, pero tambien tiene su solucion.
Todos hacemos las actualizaciones sobre servidores en produccion.
Lo ideal ahora mismo es que actualices a R1 y no R1.0.2.
Siguiendo los pasos del howto no tiene por que salir nada mal.
Aun así puedes clonar el servidor en local haz una carpeta backup usando y modificando un poco el script este puedes tener todo un soporte para devolver de momento el servidor a un estado operativo de momento.
http://www.isp-control.net/forum/thread-7519.html
Oje tiene un par de fallos
CNF_MYSQL="/etc/mysql/debian.conf" -- no conf es cnf
RUTA_DEBIAN=/etc/mysql/debian.conf
Ya es que pase de cambiarlo mas.