Nagios ist nicht dafür gedacht auch einem Server installiert zu werden wo Webhosting betrieben wird!!!
Mir stellt sich nun die Frage was willst Du monitoren?
Die einzelnen Webseiten oder den Server selber?
Das Du den Fehler bekommst liegt daran, das Nagios unter /usr/local/nagios standardmässig installiert wird und Du nicht die richtigen Pfade für das cgi-bin gesetzt hast!
Würden die cgi-Dateien unter dem richtigen Web in seinem CGI-Bin-Verzeichnis liegen könntest Du es auch so hin bekommen. Aber da wären wir wieder da wo wir schon vor ein paar Wochen waren!!!