FTP сервер, проблемы с правами

[data-stream.ru]

Г-да разбирайтесь кто в каком случае является user (владелец), кто group (доверенные), а кто остальные.
Если скрипт ставит апач, то владельцем создаваемых папок и файлов является апач. И сл-но другой скрипт в полном праве из под юзера апач воспринимать указанные файлы и папки как свои.

Если ситуация не устраивает, то заводим SFTP и меняем юзера ручками.