Beim Hosten von vielen Websites würde das manuelle Nachregeln für jede einzelne Seite viel zu viel Arbeit machen, die bei anderen Lösungen wie Confixx oder Syscp derzeit imho nicht nötig sind.
Außerdem scheint das ja auch nicht wirklich zu funktionieren, wie man ja auch an
http://www.isp-control.net sieht.
Ich würde eher mal dem mod_fcgid Ansatz folgen und schauen, was sich damit erreichen lässt. Den Versuch sollte es auf jeden Fall wert sein, auch wenn es erstmal mehr Arbeit bedeutet.
Besser jetzt als nach der Final noch mal alles umzuwerfen.