Limitar queries

[kurgans]

Si claro
Desde la consola tu puedes limitar los privilegios y accesos de cada usuario, base de datos o todo el servidor.

Para tu caso en concreto:
Estos datos se almacenan en la tabla users y tienes estos parametros en los limites:

mysql> GRANT ALL ON basededatos.* TO 'usuario'@'localhost'
-> WITH MAX_QUERIES_PER_HOUR 20
-> MAX_UPDATES_PER_HOUR 10
-> MAX_CONNECTIONS_PER_HOUR 5
-> MAX_USER_CONNECTIONS 2;
-> FLUSH PRIVILEGES

Se puede usar de forma conjunta o por separado
mysql> GRANT USAGE ON *.* TO 'usuario'@'localhost'
-> WITH MAX_QUERIES_PER_HOUR 100;
-> FLUSH PRIVILEGES